嘉靖最后还是没有将此事下部议，而是令内阁辅臣和部臣继续举荐善于治水的臣子，同时将内阁三位辅臣都留下来。
嘉靖有些担忧的说道：“诸位，现在河决，以致漕运梗阻，大批漕粮在淮安府不能发运，而辽东又嗷嗷待哺，如之奈何？”
眼下这样的情形确实是有些麻烦了，因为现在已经入秋，一旦入冬，运河就要封冻，不能行船，即便是修整好河道，也要等到明年再说了。
严嵩说道：“陛下，而今之计，唯有一面遣能臣从速治河，尽快恢复漕运，一面继续从东南自海运发运漕粮至天津和辽东。”
虽然嘉靖对于海运一直有些不一样的看法，但是嘉靖很清楚，现在只能依靠海运了，所以嘉靖思考了一阵说道：“那就传旨南直隶，令南直隶总兵戚继光组织海船，准备运送漕粮。”
幸好现在时间还足够，否则一旦入冬，海运也无法施行了。嘉靖吩咐内阁要严令南直隶加快运送漕粮，同时责令河道、漕运以及相关的州县迅速恢复漕运，抢运漕粮。
嘉靖等到辅臣们都走后，再次拿出朱载坖的奏疏看了一下，现在嘉靖对于朱载坖所说的恢复海运确实有些心动了，运河的屡次梗阻，让嘉靖极为烦心，不仅要投入大量的金钱，现在还涉及到祖陵的安危，实在是让嘉靖有些头大。
虽然运河一直是朝廷的命脉，运河沿线地势高低不一，从而决定了河运无法完全自南向北顺势而行。除此之外，南北流向的大运河又受长江、黄河、淮河等东西流向水系的阻截，这些自然因素给河运带来了重重困难。尤其是黄河，其善淤、善徙、善决的特点成为南北河运途中最大的障碍。
嘉靖以前，不少治河名臣的目的都是治河保运，而眼下还有护陵的重任，黄河与运河的矛盾进一步激化，黄河开始频繁侵入运道致使运道淤塞，虽然大臣们提出了各种建议，但是还是没办法从根本上解决这个问题。
嘉靖再次看了朱载坖的奏疏后，在上面批道：运河不可久阻，海运不可独恃。所欲言者，密疏奏来。写好之后，嘉靖让黄锦就这份奏疏交给朱载坖，让朱载坖回奏。
朱载坖收到嘉靖的御批之后，心下了然，嘉靖现在已经有所动摇了，但是嘉靖肯定还是倾向于河漕的，毕竟看起来河漕可比海运风险低多了，但是嘉靖在御批中已经流露出来可以接受海运了，但是嘉靖还是希望以河漕为主，海运为辅。毕竟在嘉靖的心目中，海运不仅风险大，而且耗费不菲。
但是实际情况并非如此，就眼下而言，天下船数，为一万一千七百七十五艘，合用官军十二万五百余人员，为了保持规定数额的艘船只数量不变，每年需相应补造。
朱载坖调取了工部和户部相应的数据，朝廷每年要修造漕船1700艘，耗银一十六万五百两，要是折成粮食，现在可以买六十五万石粮食，除了修造漕船的费用之外，漕军的支出也是一个大头，在运漕军约12万余名，于每年三月十五日至九月十五日进行漕运，若按每人月支粮一石来算，每年六个月在运时间所支月粮总计72万余石。
漕军不光有月粮，在运粮期间还有行粮，扬州以南卫所，运粮官军，每员名支行粮三石，淮安以北卫所，每员名支二石，算上月粮，每年在漕军行粮、月粮上投资达102万余石，金花折银25．5万余两。
也就是说，大明朝廷每年在船和人上的固定投资就是白银近四十万两，如果嘉靖四十六万多两的运河沿岸差役工食银，已经接近九十万两，这还不包括修治漕渠的费用，朝廷每年的京运银不过一百三十万两，支应九边各镇。
而换成海船，以官军常用的五百料官船为例，船身计官尺长12丈2尺5寸，深1丈1尺5寸，阔3丈，还包括除各军随身盔甲枪刀弓箭外，军火器共1582件，火药60斤，一共才一千两银子一艘，而运粮所用的沙船，显然是要不了这么贵的。
现在朝廷运输漕粮，主要是使用的沙船，沙船属平底船，方头方尾，甲板宽，干舷低，故稳性好， 比较安全。虽排水量不如尖底船，速度亦稍差。而且沙船造价便宜，不及同等大小的战船一半，而且自古以来，沙船也就承担着运输的重任。
朱载坖和讲官们考察史料，在宋史古籍中有防沙平底船记载，可能主要用于军队运输。元代漕粮用海运，从上海崇明直达天津，即主要采用此种平底海船，沙船和运河的漕船比起来，运载能力不吝天壤之别。
朝廷在运河所用的漕船，大者不过五百石，而沙船的规格，大体有载3 000石、1 500石、 1 000石，以及八九百石、五六百石等级。以最大的载重三千石的沙船为例，造价不过千两，就算是造五百艘，不过五十万两，春秋两次发运，可运载漕粮三百万石，而朝廷每年的漕粮总额不过四百万石。
而且从上海县自天津的航路十分熟悉了，就算是现在辽东的安东（现丹东），也有这种沙船的身影，大明的商人们不顾朝廷的禁令，从东南向辽东贩运物资，再将辽东的土产如人参、皮毛、东珠等物贩运回辽东，他们航行于安东和上海之间，顺风时， 路上要花费6~7天时间。有时因天气不佳，途中停靠大连、 芝罘、威海卫。
所以反对派们一直担心的航行时的安全问题，其实远远没有他们想象的那么可怕，大明的商人们早就把各处的航路打探的清清楚楚的。
所以朱载坖的建议就是减少部分漕船的打造和运军，将节省出来的费用用于打造海船，支持水师的建设，朱载坖始终认为，要真的解决倭寇的问题，最终还是要御敌于国门之外才是，水师必须大建，不仅要在东南，在京畿和辽东也要建设起一支强大的水师来。