【隆武政权之所以如此迅速地覆灭，实际上是因为郑芝龙的背叛和出卖。
弘光元年（公元 1645年）六月，南京城沦陷，原本担任总兵官的郑鸿逵和郑彩等人撤退回到了福建。他们在途中偶然遇到了正在前往杭州的唐王朱聿键，并将他护送回了福建。而福建则是郑芝龙的势力范围，朱聿键能够顺利登基称帝，也完全得益于这位强大的海商霸主的支持。
郑芝龙，小名唤作一官，于万历三十二年降生于福建南安石井的一户小官吏家庭之中。当他年满十七岁时，便毅然决然地奔赴香山澳（即现今的澳门），投奔其舅父黄程。在此期间，他曾前往马尼拉，并熟练掌握了卢西塔语与葡萄牙文。在与葡萄牙人的交往过程中，受到他们的影响，郑芝龙接受了天主教的洗礼，获赐教名为贾斯帕，此外还有一个名字叫做尼古拉。因此，外国人常称呼他为尼古拉·一官。
起初，郑芝龙追随日本平户岛的华侨富商李旦，担任翻译等职务，而后逐渐成为李旦的得力助手，深得李旦的信赖。天启五年之际，身为日本长崎、平户地区侨领的李旦，向荷兰长官宋克申请到了出航许可证。同年七月，他从大员启航返回平户。然而，令人意想不到的是，仅仅过了一个多月，李旦便在平户与世长辞。李旦没有妻子儿女，因此他在台湾的产业和事业全部留给了郑一官。
时间来到天启七年，此时郑芝龙已经拥有了 700 艘船只！此时，闽南地区遭遇严重旱灾，土地干裂，许多村庄甚至连草根树皮都被吃光。农历二月时，郑芝龙将泉州数万饥民召集起来前往台湾开垦荒地。他对待百姓非常好，不仅不杀人，还救济贫困之人，威望甚至超过了当地官员！
崇祯元年，闽南地区再次遭受大旱，饥民数量庞大。在熊文灿的支持下，郑芝龙又开始招募漳州、泉州的灾民数万人！并且，“每人给予三两银子，每三个人提供一头耕牛”，通过海船将他们运往台湾进行垦荒定居。在台湾的历史上，郑芝龙是第一个组织大规模移民的人！
郑芝龙不仅如此，还积极向朝廷表示忠心，发誓要彻底铲除蛮夷海盗，剿灭平定各路盗贼。于是乎，朝廷便任命他为海防游击，并赐予他“五虎游击将军”的殊荣。紧接着，郑芝龙毅然决然地离开了他苦心经营多年的海上根据地——台湾，前往闽海镇守。
此时的郑芝龙如日中天，麾下拥有三万余众的强大兵力，船只更是多达千余艘。他依然率领着昔日的旧部，为明朝政府戍守沿海地区，严密防范海盗、倭寇以及荷兰人的侵袭。凭借着卓越的战功和出色的领导才能，郑芝龙的官职一路攀升至总兵。崇祯三年的初春，郑芝龙在晋江安海镇大兴土木，耗费巨资建造了一座极其奢华的府邸。这座府邸历经整整三年零两个月的精心施工才终于竣工落成。
也是崇祯三年这一年年，郑芝龙在福建沿海金门海战把荷兰东印度公司的舰队打得落花流水，从那以后啊，海上就太平多啦，做海外贸易的，都用郑氏的旗号。就这样，郑芝龙的通商范围那叫一个广，东洋、南洋到处都有，手下有包括汉人、日本人、朝鲜人、非洲黑人等等各色人种，加起来有二十万人！还有超过三千艘大、小船的船队，在华东与华南的海洋世界那可是称霸一方啊！
崇祯十七年（1644年），甲申国变，明朝灭亡，福王朱由崧建立了南明政权。当时，郑芝龙手握重兵，控制着东南沿海地区。南明的弘光皇帝封郑芝龙为南安伯，福建总镇，让他负责福建全省的抗清军务。
隆武帝和郑芝龙之间曾有过一段蜜月期。1645 年闰六月初，朱聿键在众多文武官员的簇拥下抵达福建。起初，行宫选址在布政司，但由于时间紧迫，官吏们忙于搬运物品和修缮工作，无法及时完成准备，于是他们只好先在郑芝龙的总兵府落脚。待隆武帝正式登基后，立即册封郑芝龙、郑鸿逵为侯，并赐予郑芝豹澄济伯的爵位。
此外，由于隆武帝尚无子嗣，对郑芝龙长子郑森的才华十分欣赏，特赐国姓朱，改名为朱成功，任命他统领禁军。尽管隆武帝没有合适的女儿可供出嫁，但仍按照驸马的标准对待朱成功，加封其为忠孝伯。
然而，此后两人之间便爆发了激烈的冲突。
首先是文武大臣间的冲突。
自古以来，天下的人才出路，无非就是文武两条路。可这文武往往互相看不顺眼。文人觉得武人没文化，有理跟他们讲不清楚，武人又觉得文人没啥用，不识时务。所以没事的时候就互相讥讽，有事的时候就互相倾轧。
谈到隆武朝时期的“文武之争”，就不能不提到大学士黄道周和户部尚书何楷在朝堂上公然对抗郑氏家族的英勇事迹。
黄道周乃是明末着名的大儒，他以卓越的文章和高尚的气节而闻名于世，成为了东林复社人士推崇备至的楷模。他曾经在弘光朝担任过短暂的礼部尚书职位，但在隆武朝却被任命为内阁大学士。
户部尚书何楷同样来自福建漳浦，与黄道周同乡。在崇祯十一年，他们二人携手修撰刘同升、御史林兰友以及编修赵士春，共同三次上疏弹劾杨嗣昌，展现出刚正不阿的铮臣风范，赢得了全国上下的赞誉，当时人们称他们为“长安五谏”（此处长安代指北京）。
两人与郑芝龙、郑鸿逵争斗的过程如下：
皇上设宴款待大臣，郑芝龙以侯爵之位排在宰相之上，首辅黄道周说道：“按照祖制，武官不能排在文官右边。”两人为此争论不休，最后还是黄道周占了上风，郑芝龙则闷闷不乐。
郑芝龙和郑鸿逵仗着自己有拥立隆武的功劳，提拔自己人，比如吏科给事中朱作楫、户部主事叶正发，都是他们的门人。后来，皇上不完全听从他们的意见，他们就心怀怨恨。等到在南台举行郊天大典时，他们都称病不去。户部尚书何楷弹劾他们，说：“朝廷的重大典礼，没有比郊天大典更重要的了，而两位勋臣不出席陪祭，这是没有臣子的礼节！”
不久之后，郑鸿逵在殿上挥动扇子，何楷呵斥他，郑芝龙和郑鸿逵更加愤怒。
而让隆武和郑芝龙的冲突变得超级激烈的，竟然是因为战守问题大吵了一架。
七月初，隆武帝就下诏书说要亲自出征：“朕今痛念祖陵，痛惜百姓。狂彝污我宗庙，害我子民，淫掠剃头，如在水火。朕今诛清使、旌忠臣外，誓择于八月十八日午时，朕亲统御营中军平彝侯郑芝龙、御营左先锋定清侯郑鸿逵，统率六师，御驾亲征。”（“朕现在特别想念祖宗的陵墓，也特别心疼老百姓。那些野蛮的家伙把我们的宗庙都弄脏了，还残害我们的子民，到处淫掠，逼人剃头，简直就是把大家往火坑里推啊。朕现在要杀掉清朝的使者，表彰忠臣，发誓要在八月十八日午时，亲自率领御营中军平彝侯郑芝龙、御营左先锋定清侯郑鸿逵，统领六路大军，御驾亲征。）
从朱聿键的这道诏书来看，隆武朝的军事支柱肯定就是郑芝龙本人啦，而他手下的军队呢，则是由御营御左先锋郑鸿逵和营御右先锋永胜伯郑彩两个人来管理。朱聿键盼着郑家能“全体出动”，全心全意给皇室尽忠，为恢复大明使出全力。
但郑芝龙并不这么认为，因此，攻打南京的计划并没有像朱聿键想象的那样顺利。首先，郑鸿逵迟迟不肯行动，并假装生病不出来，直到10月才带领军队前往仙霞岭。同月，抚州也发出紧急警报，于是只能命令郑彩从杉关出发前往抚州，分兵一路进攻南昌，另一路支援饶州。
北上的战略战术不一致，这成为郑芝龙与朱聿键公开决裂的标志。随后，朱聿键为了摆脱\"束缚\"，搬到闽北地区，甚至考虑\"向西走\"，将都城迁至江西、湖南等地。仅仅三个月的时间里，两人的关系就从亲密无间变成了对立争吵。
有人说，如果不是郑芝龙拥兵自重，又对北征计划诸多阻挠，那么隆武帝的复国大业说不定真有希望成功。但实际上，这种说法完全可以套用到南明时期的每一个手握重权的武将身上，无论是弘光朝的四镇总兵、左良玉，还是隆武朝的郑氏家族，甚至是鲁监国的方国安、王之仁等等。
在那个混乱的时代里，很多武将都认为只要能保住自己的性命就已经很不错了，更别提什么舍生忘死、报效国家之类的话了。
而从现实角度出发，如果想要发动一场战争，那么必须要有精锐的士兵和强大的将领，同时还要有充足的粮草供应。可是自晚明以来，明朝官军的数量和战斗力不断下降，政府征收税粮也变得异常困难。等到崇祯时期，物资配给已经非常紧张，对于南明那些处于动荡不安、纷争不断且偏安一隅的君臣来说，形势只会更加严峻。此外，从当时的整体局势来看，无论是皇帝还是武将，他们能够依赖的地域资源和空间条件都在逐渐减少。
郑芝龙与隆武皇帝之间冲突的关键是因为彼此双方利益与目标的不同。
郑芝龙的为人干练狡黠，雄心勃勃，性格强悍。他的一生都充满了传奇色彩，从一个普通的水手成长为海上霸主，再到成为明朝的重要将领。
对于郑芝龙来说，他希望通过支持隆武帝来扩大自己在福建的势力范围，并加深对当地的影响力。这无疑是一种精明的政治策略。然而，与此同时，他的海商力量却是他多年努力经营的成果，来之不易且获利甚多。面对如此巨大的财富和权力，他显然不愿意轻易放弃。
因此，无论是当隆武帝及其大臣们提出北伐还是要迁往另一个省时，郑芝龙毫不犹豫地拒绝了。他明白，如果发动一场大规模的战役，不仅会耗费大量的人力物力，还可能导致自己的势力受到削弱甚至毁灭。他更愿意保持现状，利用自己的优势继续巩固自己在福建的地位。这种选择既体现了他的聪明才智，也暴露了他的自私自利。
总之，郑芝龙与隆武皇帝之间的矛盾并非简单的个人恩怨，而是涉及到彼此利益和目标的差异。在这场复杂的权力斗争中，每个人都有自己的算盘和打算。而最终的结果如何，则取决于各方势力的博弈和权衡。
然而就在这个关键时刻，随着鲁监国政权军事力量的全面崩溃，清军在博洛的率领下，兵分两路由仙霞关、分水关进逼福建。此时，刚刚到了闽北、准备北伐与迁往江西的隆武帝一下子就面临着清军的猛烈进攻。
面对来势汹汹的敌人，镇守仙霞关的郑鸿逵闻讯逃窜，仙霞关迅速沦陷，隆武帝也不幸如同弘光和潞王一般成为了清军的俘虏。但值得一提的是，隆武帝展现出了非凡的气节，他在被俘之后选择了绝食，最终英勇就义于改名为福京的福州。
在这一过程中，拥有重兵的郑芝龙却对隆武帝的困境视而不见，不仅没有伸出援手，反而镇守仙霞关的郑鸿逵闻讯迅速逃跑，让隆武帝陷入孤立无援的境地。
这种行为实在令人愤慨，郑芝龙难辞其咎，此后郑氏家族虽然还打着大明的旗号，但其实已经是一直独立的武装了，世人最多称其为明郑，以示与南明的分明。
而随着隆武的灭亡，南明在广州又迎来了另一位更短明的皇帝，隆武的弟弟绍武帝朱聿鐭。
反正从弘武、隆武到绍武，年号的选择上都一脉相承，跟他们的老祖宗洪武密切相关。】
“简直是大逆不道！你们这些不肖子孙，竟敢如此亵渎朕的洪武年号！”朱元璋气得满脸通红，额头上青筋暴起，眼中闪烁着怒火，“朕辛苦打下的江山，岂能让你们这般胡作非为？这不是丢尽了朕的脸吗？”他来回踱步，双手紧握成拳，仿佛随时要挥出去教训那些不孝子孙。
朱元璋越想越气，心中充满了失望和愤怒。他曾以为，自己的子孙会继承他的意志，将大明王朝发扬光大。然而，如今却看到他们滥用洪武年号，甚至做出许多荒唐事，这让他感到无比痛心。
他停下脚步，深吸一口气，努力平复内心的愤怒。“朕绝对不能容忍这种事情继续发生下去了！”朱元璋暗暗发誓，一定要预防两百年后发生的事情，趁着大明国力还强，现在就要派燕王朱棣与大将军蓝玉对辽东的女真人犁庭扫穴，彻底断了这个后患。