众人还没从雪山的催泪快递任务中缓过神，就被一股神秘力量吸进了巨大的紫色漩涡。伴随着一阵天旋地转，他们掉进了一个堆满巨型书籍的奇异空间，四周漂浮着会发光的文字。
任务派发员又闪亮登场，这次他穿着一身滑稽的图书管理员制服，脑袋上还扣着个书本形状的头盔：“欢迎来到星际图书馆！这里的图书被神秘力量打乱，必须在1小时内整理归位，否则所有知识将被黑洞吞噬！” 说完，他挥挥手变出一堆奇奇怪怪的工具：奇遇的送餐夹子变成了自动翻书器，小奶娃的智能餐盒变成了能扫描书籍的电子检索仪，奇葩的披萨盒机甲装上了机械手臂，阿花的平底锅变成了超大号的书签，胖小子的机械蜘蛛则变成了带轮子的移动书架。
众人刚准备动手，一只体型巨大的机械章鱼从书架后蹿了出来，触手挥舞着“禁止整理”的牌子，眼睛还时不时发射激光。原来它是守护图书馆的智能安保系统，却被病毒入侵，成了捣乱分子。机械章鱼一上来就用触手缠住胖小子的移动书架，胖小子大喊：“快救我，我要被压成肉酱夹心饼干了！”
奇遇拿着自动翻书器冲过去，结果翻书器突然失控，对着机械章鱼疯狂翻页，一堆密密麻麻的文字糊在章鱼脸上，让它瞬间死机。可还没等众人松口气，书架上的书突然集体活了过来，像一群扑腾的小鸟到处乱飞，还时不时啄人。小奶娃用电子检索仪扫描，发现这些书都被施了混乱魔法，急需正确归类。
奇葩操控披萨盒机甲的机械手臂，像抓娃娃一样抓书，嘴里还喊着：“看我把你们都抓回原位！”结果书没抓到几本，手臂却被飞来的字典砸得零件乱飞。阿花灵机一动，把平底锅书签扔出去，书签像回旋镖一样在书群中穿梭，把书一本本钉回书架，只是每钉一本，就会发出“砰”的一声巨响，像放鞭炮。
胖小子好不容易挣脱机械章鱼，移动书架却被一群书“劫持”，它们把书架当成滑梯，在星际图书馆里横冲直撞，还喊着：“这滑梯真好玩！”胖小子急得满头大汗：“快停下，你们这是在添乱啊！”
领头天马也没闲着，它用尾巴卷起一摞书，试图放到指定书架，却不小心被一本会喷火的魔法书烧到尾巴，疼得它上蹿下跳，尾巴上的火苗还点燃了周围的书页，瞬间引发一场小型“书火”。小奶娃赶紧用电子检索仪发出冷冻射线，才把火扑灭。
就在倒计时只剩10秒时，众人终于把最后一本书放回原位。本以为任务完成，可这时图书馆的天花板突然裂开，露出黑洞的巨大“嘴巴”，一股强大的吸力传来，所有刚整理好的书又开始往黑洞里飞。原来，这是黑袍人的余党设下的陷阱，他们企图利用众人整理书籍的时机，偷走星际图书馆里的知识。
千钧一发之际，奇遇发现手中的自动翻书器还能发射胶水射线，他对着黑洞一顿扫射，胶水把书和书架牢牢粘在一起。胖小子也让机械蜘蛛发射出无数张蜘蛛网，加固书架。众人齐心协力，终于顶住了黑洞的吸力。
随着一阵噼里啪啦的电流声，被入侵的机械章鱼突然恢复正常，它用触手关闭了黑洞，还向众人表示感谢。任务派发员又冒了出来，宣布任务成功，奖励是每人一本限量版的“宇宙笑话大全”。可还没等众人翻开书，一道神秘的传送光又把他们吸走，下一个荒诞的任务，正在等着他们……