就在李斯于咸阳城内全力稳定局势、进行善后之时，一场潜在的、可能波及更广的危机，却在他清晰果断的指令下，被消弭于无形。
这场危机的源头，在于被蒙武大军击溃后，四散逃入关中各地的嫪毐叛军残部。这些残兵败将虽然失去了统一指挥，但数量仍有数千之众，且多为亡命之徒，若任由其流窜，不仅会骚扰地方，劫掠百姓，更可能被某些怀有异心的地方官吏或六国细作利用，重新集结成患，成为动摇秦国根基的毒瘤。
尤其是几股规模较大的残部，分别流窜至骊山、蓝田附近的山谷密林之中，依托地形，时而出没，袭击粮队，骚扰乡亭，使得地方官吏焦头烂额，告急文书雪片般飞向咸阳。
这些文书自然首先汇集到了李斯主持的“平乱善后事务署”。
李斯审阅着这些告急文书，眉头微蹙。他深知，对待这些溃散的叛军，绝不能掉以轻心。若处理不当，星星之火，亦可燎原。
他没有立刻去请示吕不韦，而是根据自己掌握的全局信息和军事常识，迅速做出了判断和部署。
他首先给驻守蓝田大营的蒙武下达了一道指令：
“蒙将军：溃叛散匿山林，为祸地方，亟需清剿。然其分散狡黠，大军围剿，事倍功半，且易扰民生。着将军即刻选派精干校尉，率轻锐斥候及熟悉当地地形之向导，组成数支追剿小队，每队百人左右，配足弓弩粮秣，深入骊山、蓝田等叛军藏匿区域，进行追踪、侦察、骚扰、分化。不求速战，但求疲敌、断粮、迫其无法立足。同时，张榜安民，宣布胁从不同之策，分化瓦解其众。”
这道指令，摒弃了劳师动众的大规模围剿，而是采取了更灵活、更具针对性的小股精锐清剿战术，旨在以最小的代价，最大限度地压缩叛军的生存空间，并利用政治攻势进行分化。
紧接着，他又给相关郡县的守、令下达指令：
“各郡守、县令：叛军溃散，尔等当组织县卒、征发当地壮丁，配合军方追剿小队，于要道设卡，于乡里联防，坚壁清野，断其补给。严密盘查过往行人，防止其细作渗透。对于主动投诚之胁从，可依律酌情宽宥，予以安置；对于负隅顽抗、继续为恶者，一经发现，格杀勿论，以儆效尤。务必确保地方安宁，百姓不受惊扰。”
这道指令，明确了地方官府的责任，将其纳入统一的清剿体系，形成了军民结合、层层设防的清剿网络。
最后，他也没有忘记心理战和舆论引导：
“另，着各郡县广为张贴告示，宣示朝廷已平定嫪毐之乱，元凶授首，大势已定。昭告溃叛，顽抗只有死路一条，弃暗投明方可求生。并悬赏缉拿叛军头目，鼓励百姓检举揭发。”
这一套组合指令，思路清晰，策略得当，既有军事上的精准打击，又有行政上的严密防控，还辅以政治上的分化瓦解和心理上的威慑引导，几乎考虑到了清剿溃叛的各个方面。
指令通过相府高效的通信系统，迅速传达到各方。
蒙武接到指令后，深以为然，立刻依计行事，派出了多支精锐小队，如同梳子一般，开始梳理骊山、蓝田地区的山林。这些小股部队行动迅捷，战术灵活，不断袭击叛军的临时营地，截杀其外出搜粮的小队，使得叛军残部寝食难安，惶惶不可终日。
而各郡县在得到明确的指令后，也一改之前的慌乱，开始有条不紊地组织防御和清剿。县卒和乡勇被动员起来，在关键路口设卡盘查，在村庄周围巡逻警戒。坚壁清野的策略使得叛军难以获得补给，悬赏告示则让叛军头目成了过街老鼠，不敢轻易露面。
在军事压力、生存困境和舆论攻势的三重打击下，叛军残部迅速分化瓦解。一些小头目眼见大势已去，带着手下主动向官府投降。一些顽固分子则在不断的追击和围困中，或被歼灭，或饿死、困死在山林之中。少数漏网之鱼，也难成气候，最终销声匿迹。
不过旬月之间，困扰关中各地的叛军残部问题，便被基本肃清。地方秩序得以恢复，百姓重获安宁。
当蒙武和各郡县将清剿成功的捷报传回咸阳事务署时，李斯只是平静地将这些文书归档，仿佛这只是一件微不足道的小事。
然而，吕不韦和朝中明眼人都清楚，能够如此迅速、彻底地解决溃叛问题，避免其酿成更大祸患，李斯那几条清晰果断的指令，起到了决定性的作用。这再次证明了他不仅善于处理中枢政务，对于军事和地方治理，同样有着卓越的洞察力和指挥能力。
“指令清晰退叛军”，李斯的威望和能力，在不知不觉中，又提升到了一个新的高度。他已然成为吕不韦集团中，不可或缺的核心智囊与实干派领袖。