幻影星云位于银河星带的边缘，由无数彩色的气体和尘埃组成，星云内部布满了引力陷阱，任何星舰进入后都会失去导航。麦当驾驶着“萤火号”，根据虚空核心的指引，缓缓驶入星云。星舰的雷达完全失效，只能靠核心的黑色光芒辨别方向。
星云的中心，悬浮着一座巨大的空间站，空间站的外壳刻满了麦哲的精神印记，黑色纹路在彩色星云中格外显眼。麦当将“萤火号”停靠在空间站的码头，刚走出船舱，就被两个穿着黑色战斗服的海盗拦住：“首领在意识控制室等你。”
意识控制室的中央，放着一个巨大的圆形装置，铁蛋和他妹妹被绑在装置的两端，头上戴着布满电线的头盔。麦哲站在装置前，手中握着一根精神控制杖：“麦当，把虚空核心给我，我就放了他们。”
“先放了孩子！”麦当举起核心，警惕地看着周围。麦哲冷笑一声，按下装置的按钮：“这是‘意识提取器’，能抽取人的精神能量。你不给我核心，我就抽干他们的意识，让他们变成植物人。”铁蛋的妹妹发出痛苦的呻吟，小脸上布满了冷汗。
麦当刚要上前，就被一道精神屏障挡住。他体内的星核能量突然躁动起来，脑海中出现了无数幻觉——他看到父亲被麦哲背叛，看到联盟屠杀原住民，看到自己被虚空能量吞噬。“这是我的精神领域，在这里，我就是神！”麦哲的声音在脑海中回荡。
“你骗不了我！”麦当闭上眼睛，将星轨水晶握在手中。水晶的金色光芒驱散了幻觉，他看到装置的核心是一枚小型虚空核心，正是麦哲用来制造幻觉的源头。“你的精神印记虽然强大，但星轨能量能净化它！”
麦当将星核能量注入水晶，金色光芒射向装置的核心。小型虚空核心发出刺耳的尖叫，黑色纹路逐渐消散。麦哲的脸色变得苍白，精神屏障出现裂痕：“不可能！你的精神力怎么会这么强！”他举起精神控制杖，朝着麦当冲来。
两人在意识空间中展开对决。麦哲的精神能量化作黑色的巨蛇，朝着麦当扑来；麦当的星核能量化作金色的雄鹰，与巨蛇缠斗在一起。意识空间的景象不断变化，从火星的矿区变成地球的废品站，再变成彩虹海的星空。“你以为你能赢我？”麦哲的声音带着疯狂，“我研究了二十年的精神能量，比你强十倍！”
“但你忘了，精神能量的本质是信念！”麦当的脑海中闪过老张的笑容、铁蛋的坚强、笛亚的信任，金色雄鹰突然变大，一口咬住巨蛇的七寸。麦哲发出痛苦的嘶吼，意识空间开始崩塌。“我不会输！”麦哲引爆了自己的精神能量，想要和麦当同归于尽。
危急时刻，星轨水晶突然爆发出强烈的光芒，将麦当和两个孩子包裹起来，传送出意识控制室。空间站因为精神能量的爆炸开始解体，麦当抱着两个孩子，冲向“萤火号”。麦哲的身影出现在码头，浑身是伤：“麦当，我不会放过你的！虚空能量的威胁还没结束，联盟的‘超新星计划’马上就要启动了！”
“超新星计划是什么？”麦当问道。麦哲的身影被爆炸的火光吞噬：“联盟要……用星轨之心……制造超新星炸弹……”话音未落，空间站就化作一片废墟。麦当驾驶着“萤火号”冲出幻影星云，通讯器里传来笛亚的声音：“麦当，我们检测到联盟的舰队正在集结，目标是彩虹海！”
返回火星的途中，铁蛋的妹妹缓缓醒来，她拉着麦当的手，小声说：“我在意识空间里看到了麦哲的记忆……他不是故意要伤害我们，他的脑海里有个黑色的影子，一直在控制他。”麦当皱起眉头，难道麦哲也被虚空能量控制了？
回到古星台时，所有人都在等待着他。老邦拿着一份联盟的加密文件，脸色凝重：“我们破解了联盟的通讯密码，超新星计划确实存在。联盟要夺取星轨之心，用它制造超新星炸弹，炸毁所有反抗联盟的星球。”
麦林走到地图前，指着彩虹海的位置：“星轨之心是超新星炸弹的核心，联盟的主力舰队已经出发了，预计三天后抵达彩虹海。我们必须在他们到达前，将星轨之心转移到安全的地方。”卡利亚突然开口：“我知道一个地方，‘暗物质星云’——那里的暗物质能屏蔽所有探测，联盟找不到那里。”
众人立刻行动起来，麦林带领反抗者舰队在火星外围布防，拖延联盟的前进速度；麦当、笛亚、卡利亚带着星轨之心，乘坐“月神号”前往暗物质星云；老邦和铁蛋留在火星，继续研究净化虚空能量的方法。
“月神号”驶离火星轨道时，麦当回头看向那颗赤色的星球，心中充满了决心。他知道，这场战斗不仅是为了守护星轨之心，更是为了守护所有他珍视的人。而联盟的超新星计划，只是这场宇宙纷争的开始，更大的危机，还在暗物质星云的深处等待着他们。