至元十三年至洪武元年：蒙元统治与大明肇基（约黄帝纪年5260—5288年，公元1279—1368年）
崖山的海浪尚未平息，蒙古可汗忽必烈已在大都登基称帝，改国号为“大元”，是为元世祖。这位终结了南宋的帝王，一面效仿汉制设立中书省、行中书省，将辽阔疆域划分为十一个行省，试图以中原制度稳固统治；一面又坚持蒙古旧俗，将全国民众分为蒙古、色目、汉人、南人四等，施行严苛的等级压迫——南人作为南宋遗民，位居四等之末，连夜间点灯、出行赶集都受严格限制，稍有不慎便会惨遭刑罚。元廷还大肆圈占农田改为牧场，放任蒙古贵族掠夺民财，江南百姓刚从崖山的浩劫中喘息，又陷入了蒙元统治的水深火热之中。
元朝初年，忽必烈曾一度重视农业生产，下令编纂《农桑辑要》推广耕作技术，修复黄河、大运河等水利工程，使得战后的经济略有复苏。手工业方面，棉纺织业在黄道婆的革新下进一步发展，松江乌泥泾的棉布“衣被天下”；青花瓷烧制技术日趋成熟，景德镇成为全国制瓷中心，元青花以其雄浑的画风、艳丽的色彩，成为当时世界上最珍贵的商品；海外贸易更是延续了南宋的繁荣，泉州作为“东方第一大港”，商船往来于印度洋与太平洋之间，香料、珠宝、丝绸、瓷器在此集散，呈现出“涨海声中万国商”的盛况。
然而，这种短暂的繁荣终究难以掩盖元廷的腐朽与残暴。忽必烈死后，元朝陷入了频繁的皇位争夺，短短二十余年间竟换了九位皇帝，权臣专擅、外戚干政愈演愈烈。元顺帝在位时，朝政被丞相伯颜把持，伯颜废除科举、禁止汉人学习蒙古文与色目文，甚至企图屠杀张、王、刘、李、赵五姓汉人，引发了全国上下的强烈不满。与此同时，黄河连年泛滥，饥馑遍地，而元廷不仅不赈济灾民，反而横征暴敛，逼迫百姓缴纳“河工银”，一时间民怨沸腾，“石人一只眼，挑动黄河天下反”的民谣在中原大地悄然流传。
至正十一年，颍州人刘福通在白鹿庄聚众起义，以红巾为号，拉开了元末农民大起义的序幕。起义军迅速席卷中原，攻破汝宁、信阳等地，队伍发展至数十万人。随后，郭子兴在濠州起义，朱元璋投身其麾下。这位出身贫苦的放牛娃，曾为地主放牛，当过和尚，讨过饭，深知百姓疾苦。他作战勇猛，又善于笼络人心，先后收服徐达、常遇春等猛将，招揽李善长、刘基等谋士，在乱世中逐渐崭露头角。郭子兴死后，朱元璋接管其部，提出“高筑墙，广积粮，缓称王”的战略，在应天建立根据地，休养生息，积蓄力量。
此时的元末战场，群雄并起，各据一方：陈友谅占据湖广、江西，国号“汉”，势力最为强大；张士诚占据江浙，物产丰饶，却贪图享乐，不思进取；方国珍割据浙东，胸无大志，只求自保。朱元璋采取“先灭陈友谅，后除张士诚”的策略，于至正二十三年在鄱阳湖与陈友谅展开决战。这场战役历时三十六天，朱元璋以少胜多，火攻陈友谅水军，陈友谅中箭身亡，其部众尽数归降。三年后，朱元璋率军攻破平江，张士诚被俘自尽，江浙地区纳入其版图。随后，朱元璋又消灭方国珍，统一了江南半壁江山。
至正二十七年，朱元璋在应天称帝，国号“大明”，改元洪武，是为明太祖。同年，他任命徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率领二十五万大军北伐中原。明军一路势如破竹，先后攻克山东、河南，直逼大都。元顺帝见大势已去，带着后宫嫔妃、宗室大臣连夜北逃，退回蒙古草原。至正二十八年八月，明军攻破大都，结束了元朝在中原九十八年的统治。此后，朱元璋又派军追击北元残余势力，平定西南、西北等地，最终统一全国，开启了大明王朝近三百年的统治。曾经被蒙元压迫的华夏儿女，终于重新迎来了汉家天下，江南的烟雨再次笼罩在和平的阳光下，一段崭新的历史，在硝烟散尽后缓缓拉开序幕。