建文元年至建文四年：靖难之役与皇权更迭（约黄帝纪年5319—5322年，公元1399—1402年）
洪武三十一年的秋风卷过应天皇宫，年仅二十二岁的朱允炆身着衮龙袍，在奉天殿的龙椅上坐得局促不安。父皇朱标早逝，祖父朱元璋临终前将皇权交托于他，这位自幼饱读儒家经典的年轻皇帝，尚未褪去书生气，便要面对祖父留下的复杂局面——遍布边疆的藩王手握重兵，朝堂之上尽是开国老臣，而他心中酝酿已久的削藩之志，早已如箭在弦。
登基伊始，朱允炆在齐泰、黄子澄等文臣的辅佐下，迅速推行改革。他废除了祖父时期的苛法，减轻赋税，平反了部分洪武年间的冤案，试图以仁政安抚民心，一改洪武朝的严酷氛围。然而，最让他寝食难安的，是诸位皇叔的势力。燕王朱棣驻守北平，掌控着北方精锐兵力，素有雄才大略；宁王朱权手握“带甲八万，革车六千”，麾下还有骁勇善战的朵颜三卫。朱允炆深知，这些藩王就像悬在皇权之上的利剑，若不及时削夺兵权，迟早会威胁到自己的统治。
建文元年七月，朱允炆率先削夺周、齐、湘、代、岷五王，或废为庶人，或流放边疆。湘王朱柏不堪受辱，举家自焚而死，消息传到北平，彻底点燃了朱棣的反抗之心。朱棣以“清君侧，靖国难”为名，打出“靖难”旗号，率领燕军誓师出征。一场长达四年的叔侄骨肉相残，就此拉开序幕。
战争初期，燕军兵力远不及朝廷大军，朱允炆派遣耿炳文、李景隆等将领率军北伐，一度占据优势。但李景隆本是纨绔子弟，缺乏军事才能，率领五十万大军围攻北平却久攻不下，反而被朱棣率军内外夹击，惨败而归。朱棣则凭借着卓越的军事指挥才能和北平的地理优势，多次以少胜多，逐渐扭转战局。他善用骑兵突袭，迂回包抄，先后在郑村坝、白沟河等战役中大败朝廷军队，士气大振。
朝堂之上，朱允炆的仁柔此刻变成了致命弱点。他曾下令“勿使朕有杀叔之名”，这道命令让前线将士束手束脚，多次错失诛杀朱棣的良机。而齐泰、黄子澄等文臣虽忠心耿耿，却缺乏军事谋略，屡屡提出错误的战略建议，导致朝廷军队一再失利。随着战争的持续，天下百姓又陷入了战火之中，中原地区再次遭受兵燹之苦，流离失所的百姓不计其数。
建文四年六月，朱棣率领燕军渡过长江，兵临应天城下。李景隆打开金川门投降，燕军顺利入城。皇宫之内燃起熊熊大火，朱允炆下落不明，有人说他葬身火海，也有人说他乔装成僧人逃出皇宫，流落民间。朱棣进入应天之后，大肆诛杀忠于朱允炆的大臣，齐泰、黄子澄被凌迟处死，方孝孺因拒绝为朱棣起草即位诏书，被诛十族，牵连数百人，史称“壬午之难”。
同年六月十七日，朱棣在奉天殿登基称帝，改元永乐，是为明成祖。他从北平起兵，历经四年苦战，最终夺取了侄子的皇位，这场靖难之役，不仅改变了明朝的皇位传承，更深刻影响了此后明朝的政治格局。朱棣登基后，将都城从应天迁往北平，加强了对北方边疆的控制，开启了大明王朝新的篇章。