西洋大捷的余波与朝堂纷争的暗涌，在李景隆的精心运筹下，逐渐化为推动新朝改革的动力。他没有被胜利冲昏头脑，也未与保守派在无休止的争论中缠斗，而是抓住建文帝朱标决心已定的时机，迅速将重心转向了更为根本、也更为艰难的领域——将改革的成果制度化、体系化，使其从依赖于个人的“奇技淫巧”，转变为国家机器的有机组成部分。
回到格物院，李景隆闭门数日，焚膏继晷，结合海战经验、铁路运营、防疫实践以及远航见闻，起草了一份厚达数万字的《建文新制疏》。这份奏疏不再是单纯的技术蓝图，而是一整套涉及军事、经济、教育、外交的综合性改革纲领，核心要义在于“寓兵于工，寓富于商，育才于学”。
奏疏的核心内容迅速在朝堂公布，并引发了更激烈的争论：
其一，设“海军都督府”，独立于传统的五军都督府，专司海疆防务、舰船建造、远洋航行及海外贸易保护。下设舰队、基地、造船、后勤诸司，从制度上确立海军的独立地位和专业化发展路径。此议一出，陆军系统出身的勋贵们首先炸锅，认为这是分割兵权，劳民伤财。
其二，扩“市舶司”为“海关总署”，统管全国沿海通商口岸，制定统一的关税税率、货物稽查标准，并设立“缉私舰队”，打击走私，保护合法海商。同时，提议发行“海关债券”，募集民间资本参与海外贸易与殖民据点建设，利润共享。这直接触动了沿海豪强、传统走私集团乃至部分内地依靠陆路贸易的士大夫的利益，反对声浪最为汹涌。
其三，立“格物大学堂”，不再是附属于格物院的研究机构，而是面向全国选拔聪颖子弟，系统传授算学、格致、地理、航海、工程、医科等“实学”，毕业生经考核，可入海军、工部、市舶司、医政等新设衙门任职，与科举正途并行，开辟新的晋升渠道。这简直是在刨儒家经学的根，翰林院、国子监的官员们群情激愤，斥之为“败坏人心，舍本逐末”。
其四，颁《专利激励法》，明确规定，凡有能改良工器、创造新法、着书立说有益国计民生者，经格物院核实，由朝廷授予“专利文凭”，享有一定年限的专营之利或赏赐，以鼓励民间发明创造。这倒是得到了一些有识之士的赞同，但也被守旧者抨击为“诱民逐利，败坏风气”。
朝会上，围绕这几条，各方吵得不可开交。保守派指责李景隆“变更祖制，动摇国本”，“与民（士大夫）争利”，“重利轻义”。支持者则力陈“时移世易，法亦当变”，“开源节流，富国强兵”，“实学兴国”。
龙椅上的建文帝朱标，听得眉头紧锁。他内心认可李景隆的方略，深知这是强国之道。但反对力量如此强大，且言之凿凿引经据典，他作为以“仁孝”治天下的新君，不得不顾忌舆论和“祖制”的压力。
眼看争论陷入僵局，李景隆做出了一个令所有人意外的举动。他出列，撩袍跪倒，声音平静而清晰：“陛下，诸位大人所言，皆是为国筹谋，臣感佩于心。然《新制疏》所陈，事关重大，非一朝一夕可成。臣请陛下，不如先行试点，以小观大，以验其效。”
“试点？”朱标精神一振。
“是。”李景隆从容道，“海军都督府，可先于福建、广东沿海，择要港设立分署，统辖现有水师及新造战舰，专司缉私、护航，检验其效。海关新制，可于月港、广州先行，规范税收，若商税果有增益，再推及他处。格物大学堂，规模不必求大，首批可招百人，与国子监并行，观其成才之效。专利之法，亦可先于格物院内试行。如此，则改革稳步推进，弊端随时可纠，反对者亦无由置喙。若试行果有大利，再推而广之，则水到渠成；若有不谐，及时调整，亦无伤大体。此所谓‘蹄疾而步稳’。”
这一招“以退为进”，化整为零，将宏大的改革拆解为可操作、可验证的试点项目，极大地降低了推行阻力，也给了朱标一个完美的台阶。
朱标闻言，龙颜稍霁，沉吟片刻，抚掌道：“李爱卿老成谋国，此言甚善！便依卿所奏，先行试点。具体章程，由李爱卿会同户、兵、工、礼诸部详议后，报朕裁定。”
皇帝一锤定音，反对派虽然不满，但“试点”二字堵住了他们“动摇国本”的指控，只能悻悻然暂时退让，准备在具体实施细节上再行阻挠。
试点诏书下达，李景隆立刻行动起来。他深知，必须用最快的速度拿出成绩，才能堵住悠悠众口。他亲自坐镇，以格物院和市舶司为班底，抽调精干力量，奔赴闽、粤。
在月港，他以雷霆手段整顿海关，打击走私，推行新税则。虽然遭遇当地豪强激烈反抗，甚至发生小规模冲突，但凭借“镇海级”战舰的巡航威慑和朝廷的明确支持，很快打开了局面。新海关运行三个月，月港一地的关税收入就超过了往年同期广东一省之总和！白花花的银子押解进京，户部尚书笑得合不拢嘴，朝中关于“与民争利”的议论顿时小了许多。
在福建水师基地，他整合原有水师力量，以得胜归来的吴祯舰队为骨干，组建了第一支直属“海军都督府（试点）”的机动舰队，加强巡航，清剿残余海盗。海上商路为之一靖，海商额手称庆，海军声望大涨。
“格物大学堂”的首批一百名学员，从各地官学、民间精心选拔而来。李景隆亲自拟定课程，聘请格物院骨干和确有实学的老匠人任教。当这些年轻人第一次用望远镜观测星空，第一次用显微镜观察水滴，第一次演算抛物线，第一次学习蒸汽机原理时，新世界的大门在他们面前轰然打开。虽然国子监的博士们嗤之以鼻，但年轻学子眼中迸发的光彩，让李景隆看到了未来的希望。
各项试点在艰难中稳步推进，成效初显。朝中反对的声音虽然仍在，但已不那么理直气壮。李景隆的威望，在实干中进一步巩固。
然而，就在形势似乎一片大好之际，一场突如其来的危机，自北方悄然袭来。这一次，不再是朝堂的口水之争，而是真刀真枪的边患，并且直指李景隆改革的核心成果之一——新式陆军。一封来自北疆的八百里加急军报，被火速送入了乾清宫。